Давайте попробуем разобрать все по порядку.
Первоначально начались проблемы с удалением (скрытием) файлов. [...] После скрытия двух корневых папок «отечественные» и «зарубежные» ожидал увидеть чистую закладку «караоке» (все описанные действия проводились с караоке). Но не тут то было. Все осталось на месте.
Скрытие должно работать на всех папках. Если оно не работает, то нужно в этом разбираться. Для решения подобных проблем мы всегда просим присылать нам backup базы данных. Мы много получали подобных выссказываний, но, к сожалению, на предложения помочь откликались лишь единицы

. При самостоятельных тестах проблема себя не проявила

. Из чего мы можем сделать вывод, что такие случаи единичны. Присылайте снимок базы. Разберемся.
Хотя внутри кое что все-таки пропало. Начал закрывать каждую папку алфавита (А,Б,В и т.д). Все прошло успешно, результата достиг.
Тем более стоит разобрать ваш случай более детально. Пришлите, пожалуйста, на адрес
support@musicplaybox.ru архивированную резервную копию базы данных. Укажите в теле письма ссылку на эту ветку форума.
Первая попытка добавления не принесла никаких результатов. Правда и времени много не отняла (может минут 15-20).
Опять без подробностей. Когда программа "Сингл Мастер: центр управления" добавляет контент, она выводит сообщения о текущем процессе. Были ли замечены какие-либо ошибки в процессе добавления?
Вторая попытка принесла частичный результат. Добавилась папка «зарубежные». Правда сама папка не добавилась, а добавилось ее содержимое (A,B,C,D и т.д) правда с отсутствием некоторых букв латинского алфавита, но зато присутствовали буквы Х и Я [...] из кириллицы.

Такое, теоретически, может произойти если добавляемые песни уже есть в базе данных. Но что-то конкретное можно будет сказать, когда мы увидим вашу базу данных.
Первым желанием было отформатировать раздел и установит по-новому прогу. Но вспомнив предыдущий горький опыт не решился это сделать. Откатил систему (благо что на разделе «С» не отключил восстановление) и пошел спокойно спать.
Два совета:
1. Если вы хотите полностью изменить базу или серьезно ее изменить, то самый простой способ, это опустошить базу и просто добавить контент заново. Этот режим должен работать чисто. На автоматах нашей сборки полная индексация нашей базы контента размером в ~57000 файлов занимает 6 часов. Но это пр условии, что это наша база контента. Она предварительно подготовлена к индексации. Если же файлы ваши, то индексация будет длиться около 12 часов (при таком же объеме базы). Наши действия обычно следующие: мы собираем репозиторий, полностью его индексируем, делаем резервную копию базы данных, затем разливаем репозиторий по автоматам и восстанавливаем на них базу. Все.

2. Пользуйтесь программой Acronis True Image. Мы ставим ее на все наши автоматы. Очень не заменимая программа. Создает образ жесткого диска. Мы ее используем, когда хотим сделать какие-либо экспеименты с автоматом.

Вот и возникает вопрос: как мне все-таки удалить старую и добавить новую базу? То что писалось на форуме все перечитал. Может действительно переустановить прогу?
И второе: может ли NOD мешать работе программы?
Удалить базу -
Управление базой данных - Создание/опустошение базы данных;
Добавить новую -
Управление контентом - Добавить новый контент - Добавить новую папкуПереустановка программы
НИКАК не влияет на добавление контента. Подобные проблемы с этим не связаны.
Вообще программа "Сингл Мастер: центр управления" в процессе добавления контента к каждому файлу прикрепляет дополнительные данные (именно с этим связано требование файловой системы NTFS, в случае с FAT32 добавление будет идти в 4-6 раз дольше). Думаю, что антивирус может рассматривать подобные действия, как потенцально опасные. Мы с этим не сталкивались. Да и вообще не понятно, зачем вам на музыкальном автомате антивирус

.
PS.
Желательно при описании проблем указывать версию "Центра управления", которым вы пользовались.
В версиях до 8.2.14 (до 14 февраля) была замечена такая неприятность, как пересечение имен каталогов при индексировании. Т.е. если каталоги находятся на одном уровне и в караоке и в аудио, то было возможное добавление частичного контента, либо сливание в одну папку. Именно поэтому после установки обновления 8.2.14 программа требует переиндексации всей музыкальной базы. Проверьте, если у вас версия ниже чем 8.2.14, то советуем вам обновиться.