Похоже, что проблема кроется в драйверах на звуковую карту. По крайней мере, объяснить этот эффект с точки зрения работы плеера я не могу.
Предлагаю "костыль" для решения проблемы - нужно в автозагрузку поставить команду на запуск плеера с каким-нибудь коротким звуковым файлом (или с тишиной). Т.е. попытаться избавиться от эффекта еще до загрузки основной программы.
Как это сделать:
В файле launcher.xml в секцию execute нужно в самый конец добавить строку:
<exec wait="false" once="true" timeout="0" param="file=c:\1.mp3" filename="c:\musicbox\bin\mplayer.exe" />
В параметре file нужно указать с полным путем файл, который будет воспроизводиться при запуске автомата. В пути до файла и в имени не должно быть пробелов.
В принципе, это можно сделать и из Центра управления.
